Zugleich sollen innerstaatliche Zuständigkeiten wieder klargestellt werden. Das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft soll deshalb wieder durch Rechtsverordnung ermächtigt werden, die seewärtige Fischereiaufsicht ganz und teilweise auf den Zoll oder die Bundespolizei zu übertragen. Diese Ermächtigung machte eine namentliche Abstimmung des Bundestages nötig; so sieht es die Gesetzeslage vor.
Außerdem soll die Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung künftig für sogenannte Ad-hoc-Schließungen von Fischereien zuständig sein.