In das System werden alle in Verkehr gebrachten fossilen Brennstoffe einbezogen – unabhängig davon, in welchem Sektor sie verwendet werden. In den ersten zwei Jahren werden zunächst nur wesentliche Hauptbrennstoffe einbezogen – nämlich Diesel, Benzin, Gas und Heizöl. Ziel ist, das Verbrennen fossiler Brennstoffe im Verkehr und im Wärmebereich schrittweise teurer und so den Umstieg auf klimafreundliche Alternativen attraktiver zu machen.
Zur Teilnahme am Emissionshandelssystem verpflichtet sind diejenigen Unternehmen, die die Brennstoffe in den Verkehr bringen, zum Beispiel Gaslieferanten und Raffinerien. Die Unternehmen müssen hierfür Zertifikate erwerben.
In einer Einführungsphase werden die Zertifikate zu einem Festpreis ausgegeben, der von Jahr zu Jahr ansteigt. Dadurch entsteht ein verlässlicher Preispfad, der es Bürgerinnen und Bürgern und der Wirtschaft ermöglicht, sich auf die Entwicklung einzustellen.
Im parlamentarischen Verfahren haben die Koalitionsfraktionen Änderungen an dem Gesetzentwurf vereinbart: So wurde zum Beispiel einer Forderung des Verbandes Kommunaler Unternehmen entsprochen. Des Weiteren sollen biogene Brennstoffemissionen mit dem Emissionsfaktor Null belegt und geprüft werden, ob das auch für synthetische Kraftstoffe von 2023 an gelten könne. Darüber hinaus wird die Beteiligung des Bundestages an künftigen Rechtssetzungsvorhaben gestärkt.