Vorgesehen ist, eine Generalzolldirektion einzurichten, die die Zollverwaltung bundesweit leiten soll. In dieser Generalzolldirektion sollen die Aufgaben der Bundesfinanzdirektionen, des Zollkriminalamtes und Teile der Aufgaben der Zoll- und Verbrauchsteuerabteilung des Bundesfinanzministeriums zusammengeführt werden (Drs. 18/9987, 18/10319, 18/10444, Nr. 1.5).
Die Struktur der Ortsebene der Zollverwaltung bleibt aber unberührt; an den bisherigen Standorten der Mittelbehörden sollen Dienstsitze geführt werden.
Mit der Neuorganisation will die Bundesregierung Zuständigkeiten bündeln, Entscheidungs- und Informationswege straffen und dadurch die Zollverwaltung effizienter machen.