Vorgesehen ist die Einrichtung einer Generalzolldirektion als Oberbehörde in Bonn, die die Zollverwaltung bundesweit leiten soll. In dieser Generalzolldirektion sollen die Aufgaben der Bundesfinanzdirektionen, des Zollkriminalamtes und Teile der Aufgaben der Zoll- und Verbrauchsteuerabteilung des Bundesministeriums der Finanzen zusammengeführt werden. Zu den neuen Aufgaben des Zolls zählen zum Beispiel die Übernahme der Verwaltung der Kraftfahrzeugsteuer von den Ländern im vergangenen Jahr und die Überprüfung des gesetzlichen Mindestlohns.
Die Struktur der Ortsebene der Zollverwaltung bleibt unberührt, an den bisherigen Standorten der Mittelbehörden sollen Dienstsitze geführt werden. Mit der Neuorganisation will die Koalition Zuständigkeiten bündeln, Entscheidungs- und Informationswege straffen und dadurch die Effizienz der Zollverwaltung verbessern. Das Gesetzesvorhaben gewährleistet damit die Sicherheit von Bürgerinnen und Bürgern, stärkt die Einnahmen des Bundes und fördert den Wirtschaftsstandort Deutschland.“