Nach erheblichem Protest der SPD gegen den Versuch auf Kosten der Schwächsten beim Globalen Gesundheitsfond zu sparen, um dadurch weitere Steuergeschenke für das eigene Klientel zu finanzieren, hat Bundesminister Niebel der Abgeordneten Roth persönlich zugesichert, dass das BMZ seinen internationalen Verpflichtungen in vollem Umfang nachkommen werde. Trotz der persönlichen Zusage des Ministers fordert jedoch die SPD-Bundestagsfraktion den Minister auf einen neuen Haushaltsentwurf vorzulegen, in dem die vollen 200 Millionen Euro für den GFATM eingestellt sind.
Entgegen den unter Bundeskanzlerin Merkel 2007 zugesagten jährlichen Zahlungen von 200 Millionen Euro an den GFATM hat das BMZ in seinen Haushaltsentwurf 2010 lediglich einen Betrag von 142 Millionen eingestellt. Dies führte auf internationaler Ebene zu erheblichen Irritationen und der Frage, ob Deutschland seinen Verpflichtungen bei der Bekämpfung der schlimmsten Krankheiten auf der Welt nicht mehr nachkommen möchte.
Noch am 4. Januar 2010 bestätigte das Ministerium auf die schriftliche Frage der Abgeordneten Karin Roth, dass die Kürzung um 58 Millionen Euro richtig und gewollt sei, da dem GFATM beispielsweise Gelder des Europäischen Entwicklungsfonds zufließen, den man schließlich auch finanziell unterstütze.